RNA_Seq Viewer

RNA - seq viewerは、生物学者のiPadやiPhone上で直感的に大規模なNext-Generation-Sequencing (NGS)データを問い合わせる、新しいユーザー経験を提供するため、iOSに構築されたモバイルアプリケーションです。私たちはその最初のリリースにTCGA（The Cancer Genome Atlas）のデータの可視化に焦点を当てています。 TCGAは全面的、協調的の努力、NGSブラットフォームを使用した大規模実験の利用率を通じで、分子基盤の理解を促進する。私たちは、TCGAのウェブサイトで収集した癌患者の数百人の様々な癌の種類から詳細なNGSの分析情報を取得しました。個々の患者の遺伝子表現情報は、染色体レベルで表示される。ユーザーは、特定の関心領域にズーミングすることにより示差的に表現される遺伝子に問い合わせることができます。詳細な遺伝子情報はNCBI遺伝子データベースに得ることもできます。このアプリは以下の特点が含めています:

1. Gene expression information (RPKM value) of individual patient with brief clinical annotation is visualized and displayed on the chromosome landscapes.
2. RNA-Seq data from over 2,500 cancer patients on nine different prevalent cancer types were retrieved from TCGA and available for download.
3. Users can further browse and interrogate differentially expressed genes by zooming into regions of particular interest.
4. Users can mark the interested cancer sample information for subsequent analysis and for sharing with other biomedical researchers.
5. Detailed gene information could be navigated directly from NCBI GenBank database.
6. Users can establish their own NGS RNA-Seq data file (using the ‘user.agv’ template file) for visualization and interrogation.

Future systems biology integration at the single gene level with methylation data, CNV data and miRNA expression data would be anticipated. Any suggestions and comments are welcome, please contact: Dr. Wen-chang Lin -- wenlin@ibms.sinica.edu.tw

更新履歴
Resolve compatibility issues in iOS10
Add microRNA gene expression information in DemoDB